Sau cuộc nội chiến các dòng họ Harti và Tanade tuyên bố một nhà nước tự quản ở phía đông bắc, lấy tên là Puntland, nhưng vẫn chấp nhận rằng họ sẽ tham gia vào bất kỳ một cuộc hoà giải nào ở Somalia để hình thành một chính phủ trung ương mới. Sau đó vào năm 2002, Tây Nam Somalia, gồm Bay, Bakool, Jubbada Dhexe (Middle Juba), Gedo, Shabeellaha Hoose (Hạ Shabele) và Jubbada Hoose (Hạ Juba) các vùng của Somalia tuyên bố tự trị. Dù ban đầu là kẻ xúi giục việc này, Quân đội Kháng chiến Rahanweyn, được thành lập năm 1995, chỉ kiểm soát hoàn toàn được Bay, Bakool và các phần của Gedo và Jubbada Dhexe, nhanh chóng thành lập trên thực tế một khu vực tự trị ở Tây nam Somalia.

Dù cuộc xung đột giữa Hasan Muhammad Nur Shatigadud và hai vị phó của ông đã làm suy yếu quân đội Rahanweyn từ tháng 2 năm 2006, vùng Tây nam trở thành trung tâm của TFG dựa trên thành phố Baidoa. Shatigadud trở thành Bộ trưởng Tài chính, người phó của ông Adan Mohamed Nuur Madobe trở thành Người phát ngôn Nghị viện và người phó thứ hai Mohamed Ibrahim Habsade trở thành Bộ trưởng Vận tải. Shatigadud cũng giữ chức Chủ tịch Toà án Truyền thống của Những người già.

Năm 2004, TFG họp tại Nairobi, Kenya và đưa ra một tuyên bố về chính phủ của quốc gia.[73][74] Thủ đô TFG hiện ở Baidoa. Trong lúc đó Somalia là một trong những nước bị ảnh hưởng bởi trận sóng thần tấn công các bờ biển Ấn Độ Dương sau trận động đất Ấn Độ Dương năm 2004, phá huỷ toàn bộ các làng mạc và làm thiệt mạng khoảng 300. Năm 2006, Somalia bị lụt sau những trận mưa lớn và đợt lụt này ảnh hưởng tới toàn bộ Vùng sừng châu Phi ảnh hưởng tới 350,000 người.[75] Sự đối đầu giữa các bộ tộc kéo dài tới năm 2006 với tuyên bố vùng tự trị của nhà nước Jubaland, gồm các phần của Gedo, Jubbada Dhexe, và toàn bộ Jubbada Hoose. Barre Adan Shire Hiiraale, chủ tịch của Liên minh Thung lũng Juba, người tới từ Galguduud ở trung Somalia là lãnh đạo có quyền hành nhất ở đó. Giống như Puntland chính phủ vùng này không muốn có quy chế nhà nước đầy đủ, mà là một số hình thức liên bang tự trị.

Xung đột lại bùng phát đầu năm 2006 giữa một liên minh các lãnh chúa của Mogadishu được gọi là Liên minh vì sự Vãn hồi Hoà bình và Chống Khủng bố (hay "ARPCT") và một lực lượng du kích trung thành với Liên minh các Toà án Hồi giáo (hay "I.C.U."), tìm kiếm việc áp đặt luật Hồi giáo Sharia tại Somalia. Những thay đổi luật xã hội, như cấm nhai khat,[76] là một phần những hành động của ICU nhằm thay đổi cách hành xử và áp đặt những quy định đạo đức chặt chẽ. Rất nhiều tin tức nói rằng việc chơi bóng đá đang bị cấm, cũng như việc theo dõi các trận bóng đá,[77] nhưng cũng có những các thông báo của chính ICU bác bỏ những lệnh cấm này.[78] Liên đoàn các Toà án Hồi giáo nằm dưới sự lãnh đạo của Sheikh Sharif Ahmed. Khi được hỏi liệu ICU có những kế hoạch mở rộng quyền kiểm soát ra toàn bộ Somalia, Sheikh Ahmed đã trả lời trong một cuộc phỏng vấn: "Đất đai không phải là ưu tiên của chúng tôi. Ưu tiên của chúng tôi là hoà bình, phẩm cách cho mọi người, và họ có thể sống trong tự do, rằng họ có thể quyết định số phận của riêng mình. Đó là ưu tiên của chúng tôi. Ưu tiên của chúng tôi không phải là đất đai; con người là quan trọng với chúng tôi."[79]

Nhiều trăm người, chủ yếu là những thường dân bị kẹt trong những cuộc giao tranh, đã chết trong cuộc xung đột này. Những người dân Mogadishu miêu tả nó như là sự giao tranh tồi tệ nhất trong hơn một thập kỷ. Liên minh các Toà án Hồi giáo đã buộc tội Hoa Kỳ tài trợ cho các lãnh chúa thông qua Cục Tình báo Trung ương và cung cấp vũ khí cho họ trong nỗ lực nhằm ngăn chặn Liên minh các Toà án Hồi giáo lên nắm quyền lực. Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ, tuy không thừa nhận cũng không phủ nhận điều này, nói Hoa Kỳ không có hành động nào xâm phạm vào lệnh cấm vận vũ khí quốc tế với Somalia. Vài email miêu tả những chiến dịch bí mật bất hợp pháp của các công ty quân sự tư nhân vi phạm vào các quy định của Liên hiệp quốc đã được thông báo[80] by the UK Sunday newspaper The Observer.

Tới đầu tháng 6 năm 2006 Du kích Hồi giáo đã kiểm soát Mogadishu, sau Trận Mogadishu thứ hai, và cứ điểm cuối cùng của A.R.P.C.T. ở miền nam Somalia, thị trấn Jowhar, sau đó đầu hàng với ít sự kháng cự. Các lực lượng còn lại của A.R.P.C.T. bỏ chạy về phía đông hay qua biên giới vào Ethiopia và liên minh đã hoàn toàn sụp đổ.

Chính phủ Chuyển tiếp được Ethiopia hậu thuẫn sau đó đã kêu gọi sự can thiệp của một lực lượng gìn giữ hoà bình của vùng Đông Phi. Tuy nhiên I.C.U. phản đối mạnh mẽ quân đội nước ngoài - đặc biệt là quân đội Ethiopia — hiện diện ở Somalia.[81] tuyên bố rằng Ethiopia, với lịch sử lâu dài như một cường quốc đế quốc gồm cả việc chiếm đóng Ogaden, đang tìm cách chiếm Somalia, hay cai trị Somalia như một nhà nước chư hầu. Trong lúc đó I.C.U. và lực lượng du kích của họ kiểm soát hầu hết nửa phía nam của Somalia, thông thường qua việc đàm phán với các lãnh đạo bộ tộc địa phương chứ không phải bằng vũ lực.

Tuy nhiên, du kích Hồi giáo vẫn ở lại các khu vực gần biên giới Ethiopia, nơi đã trở thành một địa điểm trú ngụ cho nhiều người tị nạn Somalia gồm cả Chính phủ Chuyển tiếp, đóng trụ sở tại thị trấn Baidoa. Ethiopia nói họ sẽ bảo vệ Baidoa nếu nó bị đe doạ. Ngày 25 tháng 12 năm 2006, I.C.U. đã tiến vào cảng phía nam Kismayo, cảng duy nhất còn dưới sự kiểm soát của chính phủ chuyển tiếp.[82] Quân đội Ethiopia đã tiến vào Somalia và chiếm thị trấn Buur Hakaba ngày 9 tháng 10 và cuối ngày hôm đó I.C.U. đưa ra lời tuyên chiến với Ethiopia.[83]

Ngày 1 tháng 11 năm 2006, các cuộc đàm phán hoà bình giữa Chính phủ Chuyển tiếp và ICU thất bại. Cộng đồng quốc tế lo ngại một cuộc nội chiến trên diễn rộng sẽ diễn ra, với các lực lượng được Ethiopia và Eritrea hậu thuẫn đánh lẫn nhau.[84] Giao tranh một lần nữa bùng phát ngày 21 tháng 12 năm 2006 khi lãnh đạo ICU, Sheikh Hassan Dahir Aweys nói: "Somalia đang trong tình trạng chiến tranh, và mọi người dân Somalia phải tham gia vào cuộc chiến chống lại Ethiopia này", và những cuộc giao tranh ác liệt đã nổ ra giữa du kích Hồi giáo và phía bên kia là Chính phủ Chuyển tiếp Somalia cùng các lực lượng của Ethiopia.[85]

Cuối tháng 12 năm 2006, Ethiopia tung ra những cuộc không kích vào quân đội Hồi giáo và những cứ điểm mạnh trên khắp Somalia. Bộ trưởng Thông tin Ethiopia Berhan Hailu nói rằng các mục tiêu bao gồm cả thị trấn Buurhakaba, gần căn cứ của Chính phủ Chuyển tiếp tại Baidoa. Một máy bay chiến đấu của Ethiopia đã tấn công Sân bay Quốc tế Mogadishu (hiện là Sân bay Quốc tế Aden Adde), không gây nhiều thiệt hại nghiêm trọng nhưng đã khiến sân bay phải đóng cửa. Những máy bay chiến đấu khác của Ethiopia tấn công một sân bay quân sự ở phía tây Mogadishu.[86][87]Thủ tướng Ethiopia Meles Zenawi sau đó thông báo rằng nước ông đang phát động một cuộc chiến tranh chống lại ICU để bảo vệ chủ quyền của mình. "Các lực lượng quốc phòng Ethiopia đã buộc phải tham chiến để bảo vệ chủ quyền quốc gia và đẩy lùi những cuộc tấn công liên tục của những kẻ khủng bố toà án Hồi giáo và những thành phần chống Ethiopia mà chúng đang ủng hộ," ông nói.[88][89]

Những ngày giao tranh ác liệt tiếp tục diễn ra khi quân đội Ethiopia và chính phủ được xe tăng và máy bay hỗ trợ tấn công các lực lượng Hồi giáo giữa Baidoa và Mogadishu. Cả hai bên đều tuyên bố đã gây hàng trăm thiệt hại nhân mạng cho bên kia, nhưng bộ binh và xe thiết giáp của quân Hồi giáo đã bị thiệt hại nặng nề và buộc phải rút lui về Mogadishu. Ngày 28 tháng 12 năm 2006, đồng minh tiến vào Mogadishu sau khi các chiến binh Hồi giáo đã bỏ chạy khỏi thành phố. Thủ tướng Ali Mohammed Ghedi tuyên bố rằng Mogadishu đã được giải phóng, sau cuộc gặp với các lãnh đạo dòng họ địa phương để đàm phán về việc chuyển giao thành phố một cách hoà bình.[90] Tuy vậy vào thời điểm tháng 4 năm 2008, Chính phủ Chuyển tiếp Liên bang và đồng minh Ethiopia của họ vẫn phải đối mặt với những cuộc tấn công thường xuyên của quân nổi dậy Hồi giáo.

Quân Hồi giáo rút về phía nam, về cứ điểm của họ tại Kismayo, đội quân tập hậu của họ giao tranh với quân chính phủ ở nhiều thị trấn. Họ cũng đã bỏ Kismayo, mà không chiến đấu, tuyên bố rằng hành động của họ là một cuộc rút lui chiến lược để tránh thương vong cho dân thường, và củng cố quân đội quanh thị trấn nhỏ Ras Kamboni, ở mũi cực nam của Somalia và trên biên giới với Kenya. Đầu tháng 1, quân đội Ethiopia và quân chính phủ tấn công, dẫn tới Trận Ras Kamboni, và chiếm các địa điểm của quân Hồi giáo và buộc những chiến binh còn sống sót phải bỏ chạy vào các vùng đồi núi và rừng rậm sau nhiều ngày giao trah. Ngày 9 tháng 1 năm 2007, Hoa Kỳ đã công khai can thiệp vào Somalia khi gửi các máy bay Lockheed AC-130 tấn công các vị trí của ICU tại Ras Kamboni. Hàng chục người đã bị chết và tới thời điểm ấy ICU hầu như đã bị đánh bại. Trong năm 2007 và 2008, các nhóm du kích Hồi giáo mới được tổ chức, và tiếp tục chiến đấu chống chính phủ chuyển tiếp Somalia và quân đội chính quy của Ethiopia. Họ đã khôi phục được quyền kiểm soát những vùng lớn của đất nước. Các lực lượng Ethiopia đã rút đi năm 2009. ICU không còn tồn tại như một nhóm chính trị có tổ chức nữa, và hiện nó là một phần của Chính phủ Chuyển tiếp Liên bang.

Ngày 29 tháng 12 năm 2008, Abdullahi Yusuf Ahmed thông báo trước một nghị viện thống nhất ở Baidoa việc từ chức Tổng thống Somalia của ông. Trong bài diễn văn, được phát đi trên đài phát thanh quốc gia, Yusuf thể hiện sự hối tiếc khi không thể chấm dứt được mười bảy năm xung đột vốn là trách nhiệm của chính phủ của ông.[91] Ông cũng lên án cộng đồng quốc tế vì đã không thể hỗ trợ chính phủ, và nói rằng người phát ngôn nghị viện, Aden "Madobe" Mohamed, sẽ kế vị ông theo hiến chương của Chính phủ Chuyển tiếp Liên bang.[92] Ngày 31 tháng 1 năm 2009, Sheikh Sharif Sheikh Ahmed được bầu làm tổng thống tại khách sạn Kempinski ở Djibouti.[93]

Năm 2009, Liên minh các Toà án Hồi giáo bị sáp nhập vào trong Chính phủ Chuyển tiếp Liên bang, cùng với Liên minh vì sự Tái Giải phóng Somalia, một tập hợp các nhóm Hồi giáo ôn hoà. Những người Hồi giáo được trao 200 ghế trong nghị viện. Cựu Thủ tướng Nur Hassan Hussein của Chính phủ Chuyển tiếp Liên bang và Sharif Sheikh Ahmed cũng ký một thoả thuận chia sẻ quyền lực tại Djibouti được Liên hiệp quốc trung gian. Theo thoả thuận, quân đội Ethiopia sẽ rút khỏi Somalia, trao lại các căn cứ của họ cho chính phủ chuyển tiếp, lực lượng gìn giữ hoà bình Liên minh châu Phi và các nhóm Hồi giáo ôn hoà dưới sự lãnh đạo của ARS. Sau khi quân đội Ethiopia rút đi, chính phủ chuyển tiếp đã mở rộng nghị viện để bao gồm cả phe đối lập và bầu Sheikh Ahmed làm tổng thống mới ngày 31 tháng 1 năm 2009. Sheikh Ahmed sau đó chỉ định Omar Abdirashid Ali Sharmarke, con trai của cựu Tổng thống Abdirashid Ali Sharmarke, làm thủ tướng mới của đất nước.